Nakikipag-ugnayan ang Department of Health sa iba pang ahensya ng gobyerno para matiyak na mabibigyan ang publiko ng tamang impormasyon tungkol sa El Niño at makapaghanda sa posibleng epekto nito.
Ayon kay Health Secretary Edwin Mercado, iba’t ibang sakit ang maaaring ma-develop dahil sa inaasahang matinding init, tulad ng heat stroke at vector-borne diseases gaya ng dengue, malaria, typhoid at cholera.
Binabantayan naman ng DOH ang mga lugar para masubaybayan ang sitwasyon.
Bukod sa pakikipag-ugnayan sa mga LGU tungkol sa epekto ng El Niño sa kalusugan ng tao, nagtatabi rin ang kagawaran ng sapat na gamot para sa iba’t ibang sakit at nagsasagawa ng blood donation drives na kakailanganin ng dengue patients.
Samantala, tinitiyak din ang kahandaan ng mga health facility para sa tuluy-tuloy na serbisyo.